Czasochłonność powstawania partnerstwa i długi okres, po którym pojawiają się pierwsze efekty,

wymaga w miarę silnego lidera, zarówno instytucjonalnego jak i personalnego,

poważne ryzyko powstania zamkniętej grupy partnerów, która nie dopuszcza innych,

niebezpieczeństwo związane z małym zaangażowaniem niektórych sektorów, szczególnie przedstawicieli firm,

bariery osobowościowe członków partnerstw,

bariery ekonomiczne,

sprzeczność interesów,

bierność i brak aktywności,

brak lub nadmiar przywództwa,

brak strategii działania,

nieumiejętna współpraca z mediami,

upolitycznienie,

słabość lub brak umocowania partnerstwa.